九重火山は火砕流（破砕された固体マグマと高温火山ガスの混合物）を噴出する大きな噴火活動を地質時代に３回行ったといわれています（約１4万年前、約8万年前、約4万年前）。
それらの火砕流堆積物は九重火山の周辺に厚く堆積しています（場所によっては２０ｍを越えるものもあります）。この最後の火砕流噴出後、地下のマグマはゆっくり冷えつつあると考えられます。
そして、このマグマ溜まりからは1000年ないし2000年の間隔でマグマが地上に噴出され、九重火山中心部にごつごつしたドーム状の火山体をたくさん作っています（星生山、三俣山、久住山など。そして最も新しい火山体は黒岳で今から２０００年前にできたと言われています。）。
また、１７世紀中頃以降、数１０年〜１００年の間隔で、噴煙活動の活発化や水蒸気爆発が発生しています。
